Loma ja uusi kokeilu. Tällä kertaa Linux.

Kuten aiemmin kirjoitin, aloitin taannoin eksklusiivisen Microsoftin tuotteiden kokeilun siitä syystä, että Windows 7 on niin loistava. Olen ollut pienen totuttelun jälkeen tyytyväisempi kuin ajattelinkaan etenkin kahteen ohjelmaan: Media Player 12 ja Internet Explorer 8. Korvasin myös aiemmin käyttämäni Avira Antiviruksen Microsoftin ilmaisella Microsoft Security Essentialsilla heti sen julkaisun jälkeen, koska sitä on kovasti kehuttu. Suosittelen myös itse kyseistä ohjelmaa. Kevyt kuin mikä ja helppokäyttöinen. Toisin kuin OneCare, tuo myös testien mukaan tunnistaa virukset ja osaa tehdäkin niille jotain.

Nyt olen aloittamassa uutta kokeilua, nimittäin kun tämän hetkinen Tietotekniikan kurssi saadaan päätökseen ei käsittääkseni ole enää mitään estettä sille, miksenkö vaihtaisi koko käyttöjärjestelmää. Turun AMK on kyllä aivan käsittämättömästi naimisissa Microsoftin kanssa, nimittäin ATK-kurssilla oletetaan, että oppilaalla on käytössään vähintään Windows Vista ja Office 2007.

Vaikka minulla ei olekaan mitään pahaa sanottavaa kummastakaan, niin eilisessä saunaehtoossa kaveri jonka kanssa väännän peistä näistä asioista totesi yksinkertaisesti, että kaikki mun esittämät väitteet Linuxin surkeudesta pohjautuu siihen, etten ole sitä koskaan kunnolla käyttänyt. Tämä tietysti pitää osin paikkansa. Yhteenlaskettu aktiivinen Linuxin käyttöhistoria on varmaankin jotain 2 vuotta, vaikka aloitin kokeilut jo 2001 Best Linuxilla (nyk. SOT Linux, en tosin ole varma onko sitäkään enää). Käyttöhistoria on kaiken lisäksi äärettömän sekavaa propellihattuilua vakavan käyttämisen sijaan. Distroversioiden historiaan kuuluu pikaisesti mietittynä Best Linux, Mandrake, Fedora, Gentoo, Ubuntu, DSL, YDL, CentOS, Arch ja openSUSE. Lisäksi on tullut koeajettua Solaris, OpenSolaris, FreeBSD, PC-BSD ja NetBSD. Ei ihmekkään, että pitkästä historiasta huolimatta Unix-tyyppisten käyttisten käytännön osaaminen on hataralla pohjalla. Samainen kaveri on käyttänyt yli kymmenisen vuotta pelkkää Debiania ja tuntee sen yhtä hyvin kuin minä tunnen Windowsin. Tässä on se ongelma, eli alan olla melkoisen kaavoihin kangistunut. Huomion arvoista on, etten ole koskaan käyttänyt Linuxia ainoana järjestelmänä missään muualla kuin nykyisessä netbookissa.

Aion kuitenkin aloittaa siirtymisen todella varovasti. Ennen tein siten, että koska Linuxin puolella tuli jotain hankaluuksia tai jotain piti saada nopeasti tehtyä, niin vaihdoin tietysti sinne helpomman järjestelmän eli Windowsin puolelle ja jossain vaiheessa koko Linux sitten jäi roikkumaan dual-boottiin, kunnes sen sieltä poistin. Nyt aion toteuttaa siirtymisen seuraavasti:

• siirtyminen avoimen koodin softien käyttäjäksi Windowsin puolella aina kun mahdollista
• Linuxin asentaminen virtuaalikoneeseen jota sitten käytellään koko näytön alalta Windowsin päällä eikä rinnalla
• keskittyminen yhteen järjestelmään (openSUSE)

Saa nähdä, mitä tästäkin taas tulee.

Asiantuntijat: Tutkimustulosten jakaminen on ratkaisevaa biologisten tieteiden kehitykselle

Tutkimustulosten jakaminen on ratkaisevaa tiedon kehitykselle, vaikkakin genomiprojektien valmistumista seuraavan laajamittaisen tiedon keräämisen myötä sitä on vaikeampi helpottaa ja hankalampi tarkkailla, selviää Naturen raportista.

Cambridgen yliopiston fysiologian ja neurotieteen tutkimuslaitoksen tohtori Paul Schofield toimi puheenjohtajana vaikutusvaltaisessa, Euroopan komission rahoittaman CASIMIR-projektin tukemassa kokouksessa Roomassa tämän vuoden toukokuussa. CASIMIRin tehtävänä on tarkkailla vapaata tiedon ja aineiston jakoa estäviä tekijöitä hiirtä ihmisten tautien mallina käyttävien tutkijoiden välillä.

Kokoukseen otti osaa merkittävien kansainvälisten tutkimusrahoittajien korkea-arvoisia edustajia, johtavia tiedejulkaisuja, immateriaalioikeuksien ja teknologiansiirron asiantuntijoita sekä sosiologeja. Kokous kannatti tarvetta kansainväliselle koordinaatiolle ja tehokkaille menettelytavoille vähentääkseen esteitä vapaan tiedon ja aineiston jaon tieltä, varmistaakseen tutkimustulosten ja -aineiston jaon maksimoidakseen hyödyn tutkimukselle, tehostaakseen tutkimusrahoituksen hyödyntämistä sekä tehostaakseen biologisten tutkimustulosten välittämistä akateemisten tai kaupallisten kanavien kautta.

Saavutettiin merkittävä yhteisymmärrys ja kokouksen tulokset julkaistiin Naturessa tällä viikolla. Hiirten käyttäminen tutkimuksissa ihmisten tautien mallina on kansainvälisesti erittäin merkittävää ja on elintärkeää siihen asti kunnes löydetään parempia vaihtoehtoja, mikäli aiotaan saavuttaa täydet yhteiskunnalliset hyödyt ihmisen genomin selvittämisestä. Tiedon ja olemassaolevien hiirten jakaminen vähentää tarvetta luoda uusia malliorganismeja sekä välttää tarpeetonta toistoa.

Joidenkin yliopistojen ja tutkimuslaitosten harjoittama geenimuunneltujen hiirten ja sikiöiden kantasolujen liian rajoittava lisensointi, sekä tukijoiden laiminlyönnit tutkimustuloksien ja materiaalien - kuten hiirten ja kantasolujen - tallettamisessa suuriin julkisiin säilytyspaikkoihin Euroopassa, pohjois-Amerikassa, Japanissa ja Australiassa olivat tutkimuksen avaintulokset.

Kokous laati yhteisön keskustelulle ns. Rooman suunnitelman, joka on vapaasti luettavissa verkossa. Rooman suunnitelma hahmottelee suuntaviivat biomateriaalien jakamiselle vähiten rajoittavien ehtojen alaisuudessa välttääkseen ankarat materiaalin kuljetussopimukset (MTA, material transfer agreement) aina kun mahdollista. Lisäksi kokous suositteli investointien lisäystä julkisiin tietokantoihin ja hiirten säilytyspaikkoihin ylläpitääkseen kyseisen tutkimusalueen nopeaa kehitystä.

"Tiedon ja biologisten resurssien jakamisesta on tullut ratkaisevan tärkeää kokeellisen lääketieteen edistämiseksi jälkigenomisena aikana.  Roomassa saavutetut sopimukset auttavat koordinoimaan kansainvälisen tieteen käytäntöjen ja infrastruktuurin kehitystä, johtaen valtaviin etuihin tutkimusyhteisölle sekä antaen enemmän vastinetta julkishallinnon ja hyväntekeväisyysjärjestöjen rahoille, jotka rahoittavat suurimman osan tästä tutkimuksesta.

Rooman suunnitelman on tarkoitus aloittaa yhteisön keskustelu aiheesta. Paul Schofield, Tania Bubela Albertan yliopistosta ja muut kokouksen osanottajat vastaavat lukijoiden kommentteihin kahdella Nature Networkin keskustelufoorumilla, jotka aukeavat kun esto foorumeille poistetaan:

http://network.nature.com/groups/naturenewsandopinion/forum/topics/5433

http://network.nature.com/groups/naturenewsandopinion/forum/topics/5434

Alkuperäinen artikkeli:Sharing Results Of Research Is Critical To Advancement Of Biological Sciences, Experts Say (ScienceDaily)

Kommentti: Hyvä että tiedeyhteisö on havahtunut siihen kuinka paljon informaatiota nykyaikaisessa biologisessa tutkimuksessa liikkuu. DIYbio yhteisöhän syntyi juuri vastavetona siihen, että akateeminen työskentely oli liian nihkeätä ja jäykästi säänneltyä suhteutettuna siihen, kuinka nopea kehitystahti etenkin biokemiassa nykyään on. Jos tiedon saaminen ei ole yhtä helppoa kuin tutkimus, on suuri riski siihen, että pyörä keksitään monta kertaa uudestaan ennen kuin se pääsee julkaisuun asti. Itse kannatan täydellistä transparenssia tutkimukselle aihealueesta riippumatta.    

PS: Lopetin Live Writerin käytön blogitekstien kirjoittamisessa. Ohjelma on hyvä, mutta tuottaa sellaista HTML-koodia, että kun koittaa jälkeenpäin muokata jotain artikkelia on hyvin todennäköistä, että asettelu menee päin helvettiä. Kaksi blogausta kolmesta oli lisäksi rikki jo julkaistaessa, että ei se ainakaan Bloggerin kanssa toimi. Muista en tiedä.

Kaada Windows 7 helposti ja vaivatta

Microsoft onnistui sittenkin mokaamaan jotain uutukaisuudessaan ja todella yksinkertaisella skriptillä voi kaataa koko koneen, kunhan on ensin luovinut palomuurien ja mahdollisten proxyjen läpi. Haavoittuvuus vaikuttaa myös Vistaan ja mahdollisesti Windows Server 2008, joka tekee ongelmasta melkoisen vakavan (tai hauskan, riippuen katsantokannasta). BSOD-kaaos alkakoon! Haavoittuvuus tuskin on kauaa auki, että jos hakkerointi kiinnostaa niin ilo irti nyt eikä myöhemmin. Suosittelen kotikäyttäjiä sammutaamaan SMB-palvelut päivitystä odotellessa.

Technorati Tags: tietotekniikka

Tilannepäivitys ja Mac vs Windows dot com

Löysinpä mielenkiintoisen sivuston: Macin ja Windowsin vertailuun keskittynyt wiki! Tarjolla on ilmaisia PDF-tiedostoja lueskeltavaksi offlinenä ja kaikkea muutakin mukavaa. Harkitsin hetken jopa kirjoittelevani tuonnekin kun se on samanlaista halpaa hupia kuin oma juttusarjani, mutta sitten muistin että en enää omista Macia eikä tuollaisella aikaa vievällä harrastuksella olisi mitään tekemistä Olennaisten Asioiden kanssa. Niistä seuraavaksi.

Kääntelen tälle sivulle satunnaisen mielenkiintoisia omaan alaan liittyviä artikkeleita omaksi hyödykseni kielitaidon parantamista ja tulevaisuuden referenssejä ajatellen. Nyt aikataulut on taas alkanut rutinoitua syyslukukauden alkuräpellyksen jälkeen ja aion ottaa itseäni niskasta kiinni noiden kääntämisharjoitusten suhteen. Tulen jatkossa kääntämään yhden tiedeartikkelin viikossa ja julkaisen sen sunnuntaina. Satunnaiset aivovuodot sen sijaan eivät noudata deadlineja.
Mikäli jotakuta kiinnostaa kääntämisessä auttaminen, vaikka oikolukijan toimessa tai kävelevänä teknisenä sanakirjana niin heittäkääpä sähköpostia. 

Harkitsin myös kotvan jonkinlaista välimuotoa mikrobloggauksesta ja varsinaisesta blogaamisesta päivitystahdin nopeuttamisen merkeissä (laiska kirjoittaja kun olen), mutta tulin siihen tulokseen että Facebook on sellaista tyhjänpäiväistä meemien levittelyä varten eikä sellainen huomion kerjääminen tämän blogin tarkoitusta vastaa.

One Microsoft Way II: Bing vs. Google

Lähes kahden viikon kokemuksia rikkaampana onkin aika tehdä yhteenveto Bingistä. Olen ollut kaiken kaikkiaan varsin positiivisesti yllättynyt Microsoftin tarjoamista palveluista ja sovelluksista nykytilassaan. Käytin yksinomaan Macia reilut kolme vuotta 2005-2008 yhdessä Googlen verkkopalveluiden kanssa joten vertailu niiden ja Windows Liven välillä on vaivatonta.

Bing vs. Google - Perushaku
Microsoftin tuore hakupalvelu on raakile eikä se voi korvata Googlea varsinkaan vakavammassa tiedon haussa. Tämä seikka korostuu mikäli elät Yhdysvaltojen ulkopuolella ja entisestään jos elät Suomen kaltaisessa periferiassa. Mainitsin jo ensimmäisenä päivänä kohtaamastani ongelmasta, jossa Bing ei löytänyt ainuttakaan tulosta syötettyäni oppikirjan ISBN-numeron hakuun kun taas Google palautti läjän oleellisia tuloksia.

Sen lisäksi, että Bing ei yksinkertaisesti löydä asioita joihin Google löytää sadoittain vastauksia, Bingin tulokset eivät usein ole läheskään yhtä relevantteja. Tulosten olennaisuus ei ole edes kielisidonnaista. Kokeilin hakua suomeksi, englanniksi ja saksaksi. En ajanut minkäänlaista kiveen hakattua testikokonaisuutta, mutta koska Bing on nyt kokeilun vuoksi ollut reilun viikon Internet Explorerissa oletushakukoneena luulisin omaavani subjektiivisen käsityksen sen laadusta.

Bing vs. Google – Kuvahaku
Bingin kuvahaku on tasaväkinen Googlen kuvahaun kanssa. Kun Microsoft esitteli Bingin ja sen kehittyneet kuvahakuominaisuudet, Google kopioi sen parhaat ominaisuudet omaansa. Kuvahaussa ilmenee samat heikkoudet kuin Bingin perushaussa sen kekseliäistä ominaisuuksista huolimatta: tulokset eivät ole kovin relevantteja etenkin jos kieli ei ole englanti ja se löytää paljon vähemmän. Siitä huolimatta suosin nykyään Bingin kuvahakua, koska se kykenee näyttämään yhdellä silmäyksellä enemmän.

 

 

Bing vs. Google – Maps
Molemmilla hakukoneilla on omat karttapalvelunsa. Bing on omaan silmään todella epäselvä. Katsokaa tuota kuvaa! Itsellä kesti hetken aikaa etsiä siitä Aurajoki. Maamerkkejä ei ole merkitty karttaan melkein ollenkaan: Google osaa näyttää Hansakorttelin, mutta Bing ei edes tiedä että keskellä Turkua on tori. En todellakaan suosittele.

 

 

 

 

Nuo kolme kattaakin kaikki mitä olen Bingin puolella käyttänyt tähän mennessä. Uutisista, videopalvelusta ja muista en osaa vielä sanoa mitään. Jatkoa seuraa taas viikon päästä jolloin toivottavasti osaan sano jotain rakentavaa niistäkin.

Technorati Tags: tietotekniikka

Pekka Himasen houreinen humanistitalkoo

Selatessani iltauutisia olin melkoisen järkyttynyt lukiessani Helsingin Sanomista filosofian tohtori Pekka Himasen uusimmasta työkomennuksesta. Himanen on näet saanut hallituksen korkeimmalta johdolta tehtäväkseen luoda selvityksen Suomen 2010-luvun suuntaviivoista. Helsingin Sanomat tosin kirjoitti artikkelin ensimmäisessä lauseessa, että kyse on “siitä, miten Suomen henkinen kulttuuri saataisiin kukoistamaan 2010-luvulla”, mutta koittaessani löytää tilatun selvityksen punaista lankaa edelleen vaikka silmäilin artikkelin läpi kolmeen otteeseen, en sitä löytänyt. Selvitys vaikuttaa huomattavasti laaja-alaisemmalta, koska toimeksiannossa on pohdittavana "kuinka henkinen kulttuuri ja arvomaailma voivat vaikuttaa voimavarana siihen, että Suomi voi laaja-alaisesti hyvin ja täyttää tehtävänsä myös 2010-luvun maailmassa". Kuulostaa hieman erilaiselta kuin pelkkä kulttuurin tilan selvitys.

Pekka Himanen itse kutsuu tulevaa tuotostaan mahtipontisesti 2010-luvun kukoistuksen käsikirjoitukseksi. Mielipiteet Akateemisesti perustellut näkökannat miehellä ovatkin jo valmiina (artikkelista):

Himanen haluaa nähdä ensi vuosikymmenen taiteen ja humanismin kukoistusaikana ja kääntää ajatukset pois Suomessa kukoistavasta tappiomielialasta.
"Tulen esittämään, että kulttuuriin ja taiteeseen tulee investoida merkittävästi nykyistä enemmän. Taide on hyvä investointi, ja humanismi erityisen halpaa."

Pekka Himanen on humanisti. On vain luonnollista, että hän ajaa omiensa etuja ja kerjää valtiolta lisää määrärahoja ryhmille joihin samaistuu koko yhteiskunnan edun nimissä. Himanen on myös mainetta niittänyt filosofian tohtori ja sitä taustaa vasten tarkisteltuna hänen toimintansa on täysin käsittämätöntä. Jokainen joka on vähänkin tutustunut modernin kulttuurin historiaan jazzista hip-hopiin ymmärtänee, että aito elävä kulttuuri lähtee harvemmin siitä, että sillä on valtaapitävien siunaus ja tuki. Useimmissa tapauksissa täysin päinvastoin, sillä kunkin aikakauden nouseva kulttuuri on ollut kriittinen vastahuuto olemassaolevalle yhteiskunnalle. Kun otetaan huomioon, että kaikki mikä toimii valtion rahoituksella tekee täsmälleen kuten valtio käskee, voidaan päätellä ettei Himasen ehdotus edistä Suomen kulttuuria pätkääkään vaan toimii päinvastoin. Ainoa mitä Himasen ehdotus edistää on humanistien elintaso. Siitä päästäänkin siihen, että Himanen valehtelee väittäessään taidetta ja humanismia hyviksi ja halvoiksi investoinneiksi.

Himanen ei humanistina ole jäävi eikä ilmeisestikään pätevä arvioimaan valtioillisten investointien lisäyksen vaikutusta kulttuuriin. Siitä huolimatta hän väittää taiteita hyväksi investointikohteeksi. Minä väitän, että niihin ei tarvitse investoida lainkaan, koska terve aikaansa kuvaava kulttuuri syntyy luonnollisesti ilman minkäänlaista valtiollista rahoitusta, saati sitten interventiota.
Entä sitten onko humanismi hintansa arvoista ja kannattaako siihen sijoittaa lisää rahaa? Ei. Humanismi ei koskaan itsessään keksi mitään uutta, vaan tarkastelee olemassa olevaa ja tuovat uusia näkökantoja yhteiskunnasta. Uusia näkökantoja yhteiskunnasta tulee joka ikinen päivä jokaisen yhteiskunnan jäsenen toimesta huolimatta siitä, maksetaanko heille veronmaksajien pussista säälialmuja nollatutkimukseen vai ei. Humanistiset aiheet eivät edes täytä tieteen tunnusmerkkejä, sillä ne eivät pyri lisäämään ihmiskunnan tietoa. Joku muu lisää maailman olemassa olevaa tietomäärää, humanisti vain pyrkii tulkitsemaan tuota olemassa olevaa tietoa. Raadollisin esimerkki tällaisesta kontrastista on kirjallisuustiede. Kirjallisuustieteilijä tuottaa uusia subjektiivisia tulkintoja kirjoista jotka joku muu on kirjoittanut. Kirjallisuustieteilijä kritisoimassa toisen kirjallisuustieteilijän subjektiivista kritiikkiä kirjasta X olisi hauskaa seurattavaa, ellei sitä tapahtuisi yliopistoissa kovaan hintaan ilmaisten nettifoorumien sijaan.

Ollaan siis päästy lopputulokseen, jossa valtiorahoitteinen kulttuuri ja humanismi on todettu täysin turhiksi. Niillä ei todellakaan nosteta Suomea lamasta, sillä niiden positiivinen vaikutus yhteiskuntaan on kyseenalainen, valtiorahoitteisena perustellusti jopa kielteinen. 
Mihin sitten pitäisi sijoittaa rahaa, jotta Suomi nousisi lamasta ja kansa kukoistaisi? Oma ehdotukseni insinööriopiskelijana on luonnollisesti voimakas panostus luonnontieteiden opetukseen; sitä on kaivattu jo kauan. En ole jäävi, mutta on helppo vetää trilatelaarinen korrelaatio työttömyyden, henkisen pahoinvoinnin ja humanismin välille. Humanistien työllistyminen omalle alalleen sekä valmistumisen jälkeinen työttömyys on yleisesti kertaluokkaa luonnontieteilijöitä korkeammalla tasolla. Työttömät taasen voivat huonommin kuin töissä käyvät.

Suomi kukoistaa vasta kun työttömyys saadaan laskuun ja väestö voi paremmin ollessaan vähemmän masentunutta. Siksi ehdotankin taiteiden valtiotukiosuuksien vähentämistä ja humanistisen koulutuksen rankkaa karsimista.

One Microsoft Way

Sain MSDN AA:n kautta käsiini aidon Windows 7 Professionalin hyvin edullisesti ja asennellessani sitä koneelleni kahden aikaan yöllä sain kerrassaan loistavan idean: sen sijaan, että lastaisin koneen niillä tavanomaisilla hyväksi havaituilla ohjelmilla joita olen kauan käyttänyt, voisinkin kokeilla Windowsin omien ohjelmien kanssa elämistä niin pitkälle kuin suinkaan mahdollista! Toteutin seuraavat muutokset totuttuun:

• iTunes > Windows Media Player 12
• VLC > Windows Media Player 12
• Google Chrome > Internet Explorer 8

Lopuilta käyttämiltäni ohjelmilta ei löydy ikävä kyllä vastinetta Microsoftilta. Siirroksen OpenOffice 3.1 > Microsoft Office 2007 toteutan kunhan saan Officen oppilaitokselta. Siirrellessäni Chromen kirjanmerkkejä Internet Exploreriin vein idean askelta pidemmälle: jospa ulottaisin siirtymisen myös Microsoftin nettipalveluihin!

• iGoogle > Live Home
• Google Maps > Bing Maps
• Google Reader > IE8 integroitu RSS-lukija
• Google Calendar > Live Calendar
• Google News > MSN News

Microsoftin ohjelmien käyttäminen on pieni siirtyminen verrattuna Googlen nettipalveluista luopumiseen. Kuten aikaisemmin kirjoitin, olen lähes täysin riippuvainen Googlen palveluista ja nautin suuresti niiden tuomista mahdollisuuksista. Ensimmäinen siirtyminen Microsoftin nettipalveluihin oli luonnollisesti Internet Explorerin oletushakukoneen eli Bingin säilyttäminen sen sijaan että olisin vaihtanut sen ensitöikseni Googleen. Googlea käytännössä koko 2000-luvun käyttäneenä kokemus on rinnastettavissa avantouinnin antamaan ensishokkiin.

Tietysti tässä vaiheessa kokeiluani on turhan aikaista sanoa mitään kovin rakentavaa Microsoftin uudesta hakukoneesta kun olen sitä kaksi päivää käyttänyt, mutta jo näin pian tuli vastaan jotain odottamatonta: hain nimittäin halvinta kauppaa oppikirjan ostoa varten ISBN-numerolla. Bing ei löytänyt mitään, kun taas Google palautti hyvät tulokset eri kaupoista heti ensimmäisellä sivulla. Olen jotenkin pettynyt itseeni, mutta saadakseen jotain aikaan on joskus rikottava uusia hienoja periaatteitaan. En myöskään voi luonnollisista syistä lopettaa Gmailin ja Bloggerin käyttöä.

Tämä viesti on kirjoitettu Windows Live Writerillä. Microsoft sanelee kirjoitusasuni: en voi painaa enteriä aloittamatta uutta kappaletta. One Microsoft Way.

Technorati Tags: tietotekniikka

KDE 4.3 julkaistu

Linuxin tällä hetkellä nopeimmin kehittyvän työpöytäprojektin uusin versio eli KDE 4.3 on julkaistu.

Virallisen tiedotteen mukaan tähän versioon on korjattu yli 10 000 bugia ja lisätty melkein 2000 uutta toimintoa. Yhteensä kehitykseen osallistui reilu 600 henkiöä ja kaiken kaikkiaan muutoksia versioiden välillä on lähes 63 000.

Pitää ottaa huomioon, että tuohon on laskettu kaikki kehityksen aikana tapahtuneet muutokset pienestä koodin kommentin lisäyksestä pikselin kokoiseen muutokseen satunnaisessa ohjelmassa, joten ei 63 000 muutosta todellisuudessa niin valtavaa muutosta tuo.

Käyttäjälle näkyvimmät muutokset ovat seuraavat:

• Plasma Desktop on saanut uuden vakioteeman nimeltä Air. Uutena ominaisuutena on folderview, joka on OS X:n esikatselun kaltainen toiminto mutta mahdollistaa myös kansioiden sisällön kurkkaamisen. Plasmaa itseään on myös viritelty jälleen kerran nopeammaksi joka on aina hienoa.
• Resurssienhallinta eli Dolphin osaa näyttää esikatselukuvat kansion sisällöstä ja toistaa videota suoraan kuvakkeesta. Näppärää.
• Varsinainen ikkunamanageri eli KWin on niinikään kokenut läjän koodia optimoivia hakkeja joten sitä sanotaan nopeammaksi. Lisäksi se osaa uusia hienoja temppuja.
• KDE Personal Information Manager osaa synkata itsensä Google Kalenterin kanssa.

Tässä on vielä virallinen screencast auíheesta:

Ensimmäinen valtavirran Linux-distro joka ottaa KDE 4.3:n käyttöön tulee olemaan openSUSE 11.2 joka julkaistaan 12. marraskuuta 2009.

Tänään telkkarissa: asiallinen dokumentti

Tänään klo 19.00 TV1:sltä tulee hyvältä vaikuttava BBC:n tuotantoa oleva dokumentti nimeltä Geenimuunneltu ruoka pelastaa? (Horizon: Jimmy's GM Food Fight, 2008).

Uskoisin ohjelman olevan hyvä, koska suurin osa nk. dokumenteista jotka käsittelevät geenimuuntelua maataloudessa, kuten World Of Monsanto, ovat todella yksipuolisia ja kuvaavat kaikki biotekniikkayritykset maapallon tuhoavana pysäyttämättömänä voimana joka on tarkoituksella pahansuopa hullujen tiedemiesten uusi salaliitto. Tämä sen sijaan vaikuttaa blogistanin reaktion ja arvostelujen perusteella katsomisen arvoiselta.

Kannattaa siis katsoa tai jos ei omista telkkaria, niin ohjelman voi katsoa myöhemmin YLE Areenasta.

EDIT: ohjelmaa ei löydykään Areenasta, mutta ohjelman voi silti katsoa Internetistä. Google auttaa.

Uudella tekniikalla muutetaan bakteereita nopeasti biotehtaiksi

Korkean suoritustehon sekvensointi on muuttanut biologit kyltymättömiksi genomin lukijoiksi mahdollistaessaan miljoonien DNA-kirjainten eli emästen kartoituksen tunnissa. Kuitenkin tarkistaessaan genomia heillä on suuria hankaluuksia, joita pahentaa vanhentunut solun ohjelmointitekniikka. Laboratoriot jäävät jumiin tiettyjen DNA-lausekkeiden kanssa, näperrellen toisinaan yhden geenin osa-alueen kanssa kyllästymiseen asti ennen kuin siirtyvät seuraavaan.

Yksi työryhmä on viimeinkin ylittänyt tämän esteen kehittämällä uuden soluohjelmointimenetelmän nimeltä Multiplex Automated Genome Engineering (MAGE) eli Moninkertainen Automaattinen Genomin Työstö. Periaate lupaa antaa biotekniikalle, etenkin synteettiselle biologialle, voimakkaan sysäyksen.

Työryhmä jota johti tutkijaparivaljakko genetiikan professori George Churchin johdolla Harvard Medical Schoolin laboratoriossa jalostivat nopeasti bakteereita muokkaamalla useita geenejä saman aikaisesti yhden geenin sijaan. He muuttivat itseään palvelevat Escherichia coli -bakteerit tehokkaiksi tehtaiksi jotka tuottivat haluttua yhdistettä, saavuttaen kolmessa päivässä tuloksen joka vie useimmilta biotekniikan yrityksiltä kuukausia tai vuosia.

"Me aloitimme projektin kuroaksemme umpeen DNA:n sekvensointitekniikan ja soluohjelmointitekniikoiden välisen kuilun", selittää opiskelija Harris Wang, tutkielman toinen kirjoittaja. "Tavoite oli genetiikasta ja genomiikasta koottua tietoa käyttäen nopeasti suunnitella uusia toimintoja ja parantaa olemassa olevia solujen toimintoja", lisää tutkijatohtori Farren Isaacs. "Me halusimme kehittää uuden työkalun ja havainnollistaa sen käytön; olimme päättäväisiä antamaan labroille uusia perustyökaluja"

Ratkaisu oli lineaarisesta geenimuuntelun tekniikasta ja yksittäisen geenin sarjamuuntelusta luopuminen. Tutkijat valitsivat vaarattoman lajikkeen E. Colista ja lisäsivät muutaman geenin sen ainoaan rengasmaiseen kromosomiin keinotellen sen siten tuottamaan lykopeenia (C₄₀H₅₆) joka on voimakas tomaatissa ja muissa kasviksissa esiintyvä antioksidantti. Nyt he pystyivät keskittymään solujen säätämiseen lisätäkseen yhdisteen tuottoa.

Perinteisesti labrat suoriutuisivat tämän kaltaisista muunteluista käyttämällä yhdistelmä-DNA-tekniikkaa, joka tunnetaan geenin kloonauksena. Se on monimutkainen tekniikka joka käsittää DNA:n eristyksen, hajottamisen, jälleenrakennuksen ja uudelleensijoittamisen.

George Churchin laboratoriotutkijat ottivat erilaisen lähestymistavan, sekoittaen insinöörilogiikkaa biologin kykyyn ymmärtää monimutkaisuutta. "Geenit toimivat ryhmissä eivätkä eristettyinä. Kloonaus rohkaisee jättämään huomiotta geenien keskinäisen riippuvuuden ja yliyksinkertaistamaan solun sisäisen järjestelmän. Saatamme esimerkiksi unohtaa, että yksi mutaatio voi voimistaa tai heikentää toisen mutaation vaikutuksia." selvittää Wang, johon Isaacs jatkaa: "On lähes mahdotonta ennustaa minkä mutaatioiden yhdistelmät suovat halutunlaisen käytöksen. Biologia on niin monimutkaista ettemme tiedä optimiratkaisua"

Niinpä työryhmä työsti evoluutiota itseään tuottaakseen geneettistä monimuotoisuutta ennenkuulumattomalla vauhdilla, lisäten siten mahdollisuuksia löytää soluja joilla on toivotut ominaisuudet.

Escherichia Coli sisältää arviolta 4500 geeniä. Työryhmä keskittyi näistä 24:ään, hioen valtavaa potentiaalia sisältävän reitin lisätäkseen antioksidantin tuotantoa, optimoiden sekvenssejä samanaikaisesti. He ottivat 24 DNA-sekvenssiä, jakoivat ne helposti hallittaviin 90 emäsparin osiin ja muokkasivat jokaista, täten luoden geenimuunnelmien setin. Seuraavaksi työryhmä värväsi firman valmistamaan tuhansia yksilöllisiä rakennelmia tietyistä geenisekvensseistä. Sen jälkeen ryhmä kykeni sijoittamaan nämä uudet geneettiset rakennelmat takaisin soluihin, antaen luonnollisen solukoneiston sulattaa itseensä tämän korjatun geneettisen materiaalin.

Jotkin bakteerit saivat yhden rakennelman, jotkin kaksi tai useampia. Lopputuloksena syntynyt potti sisälsi kokoelman soluja joista jotkin olivat parempia tuottamaan lykopeenia kuin toiset. Työryhmä eristi potista parhaat tuottajat ja toistivat prosessin uudestaan ja uudestaan jalostaakseen tuotantokoneistoa edelleen. Tehdäkseen asiat helpommiksi, tutkijat automatisoivat kaikki vaiheet.

"Me kiihdytimme evoluutiota, tuottaen niin monta kuin 15 miljardia geneettistä muunnelmaa kolmessa päivässä ja lisäten lykopeenin tuottoa 500%. Voitko kuvitella kuinka kauan kestäisi tuottaa 15 miljardia geneettistä variaatiota perinteisillä geenin kloonaustekniikoilla? Se kestäisi vuosia.", kertoo Wang.

Polku jota työryhmä jalosti muodostaa tärkeän osan monien arvokkaiden yhdisteiden synteesissä, ulottuen hormoneista antibiootteihin, joten uudelleenohjelmoituja bakteereita voidaan hyödyntää moniin tarkoituksiin. Lisäksi MAGE-periaate itsessään avaa uusia mahdollisuuksia.

"Päätimme suunnitella biologian kontekstissa, tarttuen evoluutioon sen sijaan että koittaisimme sovittaa neliötä ympyrään", sanoo Church. "Tämä automatisoitu monikertatekniikka tulee mahdollistamaan laboratoriot suunnittelemaan kokonaan uusia polkuja ja genomeita ja ottamaan soluohjelmoinnin kokonaan uudelle tasolle."

Kyseinen tutkimus on rahoitettu seuraavien tahojen toimesta: NSF, DOE, DARPA, NIH, WIBIE ja NDSEG.

Alkuperäinen artikkeli ScienceDailysta

Tutkijat: Biotekniikkaa vastustavat ryhmät estävät metsäbiotekniikkaa kehittymästä

Metsäbiotekniikan mahdollisuus merkittävien yhteiskunnallisten ja ympäristöongelmien ratkaisussa ollaan tukahduttamassa alkuunsa säädösten ja joidenkin ryhmien jäykän vastustuksen takia, jotka käytännössä tekevät mahdottomaksi geenimuunneltujen puiden testaamisenkin, tutkijat väittävät uudessa selonteossaan.

"On otettava askelia sääntely-ympäristön luomiseksi joka ottaa huomioon geenimuunnellut puut tieteelliseltä ja tapauskohtaiselta pohjalta sekä on keskittynyt lopputuotteeseen valmistustavan sijaan." Näin sanovat tutkijat Oregon State ja Carnegie Mellon -yliopistoista sekä muista instituutioista Nature Biotechnology -lehden artikkelissa. "Mikäli sellainen puuttuu, katoaa mahdollisuus käyttää tätä voimakasta työkalua sellaisten puiden luomiseksi jotka kasvavat nopeammin, kestävät paremmin kuivuutta ja tauteja sekä uhanalaisten lajien palauttamiseksi, kulujen alentamiseksi, uusiutuvaan energiaan panostamiseen, hiilen sitomiseen, ympäristön puhdistuksen edistämiseksi ja sellaisten tuotteiden tuottamiseksi joita maailmanlaajuiset kuluttajat suuresti tarvitsevat."

"Tämä on hirttosilmukka joka on kiristynyt hiljalleen monia vuosia", sanoi Steven Strauss, metsäbiotekniikan professori Oregon State yliopistossa ja eräs maailman johtavista geenitekniikan soveltajista metsänhoitoon. "Kaikki haluavat turvallisia ja vastuullisia säädöksiä jotka suojelevat ympäristöä, mutta jotkin äärivastustajat jotka pitävät kaikkea geneettisesti muokattua kuolemansyntinä ovat menestyksekkäästi asettaneet esteitä jotka tekevät geenimuuntelun edistymisen metsänhoidossa tai puisissa energiakasveissa käytännössä mahdottomaksi. He eivät edes halua nähdä kenttätutkimusta, jota vaaditaan ekologisten vaikutusten sekä hyötyjen analyysiin. Lisäksi he ovat ottaneet harppauksia kohti koko teollisuuden alasajoa", Strauss jatkaa.

Jotkin suuret menestykset biotekniikassa ovat tapahtuneet viljelykasvien tuotannossa, Strauss sanoi, ja sen valtavien etujen vuoksi teollisuus on oppinut luovimaan useiden maiden säännösviidakoissa, mukaanlukien Yhdysvaltojen. Sitä vastoin puiden geenimuuntelun tutkimukset kestävät kauemmin, vaativat työskentelyä monimuotoisempien lajiden kanssa ja omaavat suuremmat ympäristörajoitukset tutkimukseen ja käytännön toteutukseen.

"Vastustajat hyödyntävät Biodiversiteettisopimuksen ja siihen liittyvän Cartagenan sopimuksen hyvää tarkoittavaa mutta epämääräistä tekstiä edistääkseen säännösten asettamista jotka tekevät edistyksen lähes mahdottomaksi. He kohtelevat pienen mittakaavan tutkimussuunitelmaa samalla tavalla kuin geenimuunnellun puun käyttöä kokonaisella alueella", valittaa Strauss.

Siinä missä aikaisemman tyypin geenimuunnellut puut sisälsivät lähes poikkeuksetta geenejä muista lajeista, monet nykyisistä edistysaskeleista toteutetaan lajin omilla geeneillä ja luonnollisella kasvuprosessilla, jotka ovat lisääntyneet geenitutkimuksen kehittyessä. Näitä kahta tutkimuksen tyyppiä ei erotella toisistaan, tutkijat sanovat.

Tutkijat kertovat uskovansa Biodiversiteettisopimuksen muuttuneen "laajat rajoitteet kaikenlaiselle siirtogeenitutkimukselle ja -kehitykselle asettavaksi foorumiksi ekologisista tai taloudellisista hyödyistä välittämättä". Kyseinen yleissopimus on yksi suurimmista kansainvälisistä sopimuksista, ensimmäisen kerran esitelty vuonna 1992 ja oli alkujaan suunniteltu suojelemaan luonnon monimuotoisuutta eikä estämään geenimuunneltujen eliöiden käyttöä.

Tutkijat tiivistivät selonteossaan: "Aktivismi geenimuunneltuja puita vastaan Biodiversiteettisopimuksen kautta on ollut kaikkea geenimuuntelua vastustavaa, tavoitteista tai ympäristön eduista välittämättä. Tämä aktivisimi on myöskin ollut suorassa vastarinnassa laajalle levinnyttä tieteellistä ja ammattimaista mielipidettä vastaan - mukaanlukien ekologeilta - että ominaisuus eikä rekombinaattitekniikka itsessään pitäisi olla arvionnin kohteena."

Ongelman toinen solmukohta tutkijoiden mukaan on löytää tarpeeksi suuri määrä tiedemiehiä ottamaan osaa kiistanalaisiin ja aikaa vieviin väittelyihin, joissa "tieteellisen keskustelun laatu taipuu olemaan äärimmäisen matala ja erittäin riidanhaluinen".

Tutkijat uskovat merkittävien muutosten Biodiversiteettisopimuksen rakennetta ja tulkintaa koskevissa tavoissa olevan vaadittuja estämään sen jatkuva väärinkäyttö tavoilla joiden he väittävät selkeästi olevan sen "alkuperäisen olemuksen ja tarkoituksen vastaisia".

Alkuperäinen artikkeli Science Dailysta

Sourceforge on uudistunut

Sourceforgen ulkoasu ja organisointi on uudistunut! Vielä eilen Sourceforge oli suhteellisen sekava paikka jopa kokeneille palvelun käyttäjille. Nyt Sourceforge on ottanut valtavan harppauksen eteenpäin jokaisella osa-alueella käytettävyydestä selkeyteen ja hauskuuteen. Avoimen lähdekoodin projekteille on luontaista yhteisöllisyys ja nykyisellään sivusto muistuttaakin kiitettävästi Facebookin kaltaista palvelua Community Awardseineen, yhdistettynä Download.comin selkeyteen ohjelmakategorioineen ja suosituslistoineen.

Käykää katsomassa!

Oikea ohjelmointikieli bioinformatiikkaan

Oletko koskaan pohtinut mitä ohjelmointikieltä kannattaisi opetella mikäli tunnet vastustamatonta vetoa bioinformatiikan opintoihin joko itsenäisesti tai yliopistolla? Minä ainakin olen kiinnostunut aiheesta koska tietotekniikan astetta syvällisempi tuntemus on nykyaikana pakollista jokaisessa biologiaan liittyvässä tieteen alassa, etenkin mikrobiologiassa ja biokemiassa, sillä tutkimuksen seurauksena synty valtavia määriä informaatiota joka pitää jotenkin organisoida helposti seulottavaksi sekä esimerkiksi proteiinimallinnuksessa vaaditaan valtava määrä laskentatehoa. Aina ei voi luottaa siihen, että bioinformaatikko on paikalla ja vaikka olisi, helpottaisi se paljon labran väen keskinäistä työskentelyä kun voisi esittää asiansa mahdollisimman samalla aallonpituudella.

Googlen avulla löysinkin mielenkiintoisen, selkeän ja verrattain kattavan vertailun bioinformatiikassa käytettyjen kielten keskinäisistä ominaisuuksista nopeudesta vaadittavan koodin määrään: A comparison of common languages used in bioinformatics (PubMed Central). Suositeltavaa lukemista aiheesta kiinnostuneille, seuraavaksi tiivistän tulokset tähän. Graafit ja tarkemmat tulokset selvityksineen sekä mittausmetodit löytyvät artikkelista itsestään. Artikkelissa vertailtiin seuraavia ohjelmointikieliä: C, C++, C#, Java, Python ja Perl

Yleisesti ottaen voidaan todeta, että C-pohjaiset kielet pitävät kärkisijoja nopeudessa ja muistinhallinnassa. Puhdas C oli useimmissa tapauksissa se nopein ja vähiten muistia kuluttava kieli, ainoana poikkeuksena muistinhallinta jonka C++ vei täpärästi kehittyneempien muistinhallintaominaisuuksiensa ansiosta.

Java tuli C-pohjaisten kielten jälkeen selkeästi toiseksi, häviten nopeudessa useimmissa tapauksissa yllättävän vähän C-suvulle.

Sen sijaan Perl ja Python jakavat selkeän kolmannen sijan niin nopeudessa kuin muistinhallinnassakin, ollen kaikissa tapauksissa hitaampia ja etenkin muistisyöpömpiä kuin muut kielet. Perl tekee kuitenkin poikkeuksen BLAST-skriptauksessa, jossa on tasavertainen muiden kuin Pythonin kanssa joka jää auttamattomasti jälkeen.

Ainoa, missä Perl ja Python ovat selkeästi edellä on vaadittavan ohjelmointityön määrä. Kyseisillä kielillä tehdyt ohjelmat vaativat yleisesti ottaen vähemmän koodia kuin muilla kielillä tehdyt. Ei lainkaan yllättäen taasen nopeiten toiminut C vaati eniten koodia toimivan sovelluksen aikaansaamiseksi.

Jos tämän testin tuloksen pohjalta pitäisi valita yksi kieli bioinformatiikan opetteluun, valitsisin Javan. Se on nopea vaaditun ohjelmointityön määrään nähden, se on täysin oliopohjainen ja erittäin laajalle levinnyt kieli jonka osaamisesta on paljon hyötyä lähes kaikessa (kaikessa?) muussakin ohjelmointityössä. Javan syntaksi on myös hyvin lähellä C++:aa, josta vuorostaan on äärettömän pieni askel C:hen. Itselleni tuli yllätyksenä Javan nopeus tässä suhteessa, sillä jostain syystä minulle on jäänyt sellainen mielikuva Javasta, että se on hyvä pieniin tekeleisiin mutta auttamattomasti liian hidas mihinkään vakavaan työhön kuten tietokantaohjelmointiin tai laskennallisiin ohjelmiiin. Mutta kuten aina tieteissä, vääräksi todistaminen on (lähes) yhtä iloinen tapahtuma kuin oikeaksi todistus.

Android SDK: ohjeet Windowsissa ajoa varten

Googlen Android poikkeaa edukseen kilpailevista matkapuhelinjärjestelmistä ainakin yhdessä suhteessa: se on avoin ja sen kehittämiseen voi osallistua kuka tahansa jolla on mielenkiintoa siihen. Olen kokeillut HTC G1 -puhelinta luonnossa ja hyvin vakuuttunut Androidin mahdollisuuksista matkapuhelinmarkkinoilla. Koska en kuitenkaan itse omista Android-puhelinta, ajattelin testata sen emuloimalla. Android SDK sisältää QEMU-pohjaisen emulaattorin, joka emuloi yleisesti käytössä olevaa korkean tason matkapuhelinrautaa. Emulaattorin toimintakuntoon saattaminen ei kuitenkaan ollut niin yksinkertaista kuin mihin on tavallisena Windows-käyttäjänä saanut tottua. Android-emulaattorin ajamiseen vaadittavat vaiheet läpi:

1) Lataa uusin JDK (Java SE Developement Kit) tästä:http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp Valitse paketti nimeltä "JDK 6 Update 13", bundlet ovat turhia. Asenna se. HUOM! Ennen asennusta tarkista Windowsista, onko JRE (Java Runtime Enviroment) asennettu. Mikäli on, niin poista se ennen JDK:n asentamista konfliktien välttämiseksi.

2) Katso minne JDK asentaa itsensä. Kopioi polku talteen. Avaa Control Panel > System > Advanced System Settings > Enviroment Variables (reitti Windows 7:sta, Vista/XP voi olla eri). Etsi listasta kohta PATH ja klikkaa se auki. Lisää perään puolipisteellä erotettuna reitti JDK:n bin -kansioon jossa sijaitsee "java"-niminen olio. Esimerkiksi oma PATH sinne on C:\Program Files (x86)\Java\jdk1.6.0_13\bin

3) Lataa uusin Android SDK täältä: http://developer.android.com/index.html. Tekstin kirjoitushetkellä ajankohtaisin versio on 1.5 SDK r1.

4) Pura ladattu tiedosto jonnekin mistä löydät sen. Se on tosiaankin zip eikä exe. Itse laitoin kotikansioon.

5) Avaa komentorivi (Run > cmd) ja mene kansioon jonne purit SDK:n. Siellä mene kansioon tools ja tarkasta sisältö. Siellä pitäisi olla android.bat. Jos on, kirjoita "android" ja paina enter. Mikäli komentorivi herjaa " 'java' is not recognized as an internal or external command, operable program or batch file." niin käy kohta 2 uudestaan läpi. Mikäli niin ei käy, kaikki on ok.

6) Nyt kirjoita "android list targets" ja tarkista mitä listasta löytyy. Viimeisintä SDK:ta haetaan. Sen jälkeen syntaksilla "android create avd -n -t " luo AVD (Android Virtual Device). voi olla mikä vain minkä muistaa mutta pitää olla viimeisin versio SDK:sta listalta, esim. jos 1.5 oli kohdassa kaksi niin silloin targetID on 2.

7) Kysyttäessä "Do you wish to create a custom hardware profile [no]" paina enter.

8) Kun AVD on valmis, sulje cmd. Samasta \tools kansiosta pitäisi löytyä emulator. Luo siitä pikakuvake ja avaa sen ominaisuudet. Pikakuvakkeen Targetin perään lisää -avd , jossa on se antamasi nimi kohdassa 6 luodulle AVD:lle.

9) Tallenna muutokset. Klikkaa pikakuvaketta. Android-emulattorin pitäisi käynnistyä ja nyt voit helposti käyttää uusinta Androidia ostamatta puhelinta!

Kultainen riisi: tehokas A-vitamiinin lähde

Beta-karoteeni niinsanotussa "kultaisessa riisissä" muuttuu ihmisissä A-vitamiiniksi Baylor College of Medicinen ja Tufts Universityn tutkijoiden mukaan artikkelissa joka ilmestyi viimeisimmässä American Journal of Clinical Nutritionissa.

Kultainen riisi kehitettiin 90-luvun alkuvuosina Rockefeller Foundationin myöntämän apurahan turvin tarkoituksenaan kehittää riisilajike joka sisältäisi A-vitamiinin esiastetta beta-karoteenia riisinjyvässä itsessään. Nykyisessä muodossaan, kultaisessa riisissä on 35 mikrogrammaa beta-karoteenia grammassa.

"Havaitsimme, että neljä yksikköä beta-karoteenia kultaisesta riisistä muuttuu ihmisissä yhdeksi yksiköksi A-vitamiinia," sanoi pediatrian dosentti Michael Grusak USDA/ARS lasten ravitsemustutkimuskeskuksesta ja Texasin lastensairaalasta.

He päättelivät tämän syöttämällä viidelle terveelle aikuiselle tarkasti määritellyn annoksen erikoismerkittyä kultaista riisiä ja mittasivat sen jälkeen veressä olevan retinolin määrän, joka on eräs muoto A-vitamiinista.

A-vitamiinin puutos on yleinen useissa maailman osissa joissa köyhemmät yhteisön jäsenet ovat riippuvaisia riisistä pää-asiallisena ruoan lähteenä. Ihmisillä joilta puuttuu tarpeellinen määrä a-vitamiinia voi olla sen seurauksena näköhäiriöitä tai jopa sokeutta.

"Yhdistämällä A-vitamiinin yleisesti kulutettuun viljelykasviin tekisimme sen saavutettavaksi valtaosalle alueen väestöstä", sanoi Grusak.
Rohkaisevista tuloksista huolimatta jatkotutkimukset ovat tarpeellisia ennen kuin kultainen riisi on saatavilla yleisiltä markkinoilta. Tutkimuksen seuraavissa vaiheissa tarkistellaan teknologian soveltamista eri alueiden riisilajikkeisiin ja jatketaan beeta-karoteenin muuttumista a-vitamiiniksi ihmisissä koskevaa tutkimusta.

alkuperäinen artikkeli: ScienceDaily 13.5.2009

Kommentti: Kultainen riisi on ollut puheenaiheena jo kauan, pää-asiassa koska se ratkaisisi helposti suuren määrän aliravitsemusongelmia etenkin köyhimmissä maissa ja sen tuotanto hoituisi helposti perinteisinkin keinoin. Valitettavasti sanat "geeni" ja "tekniikka" yhdessä sanassa saavat ympäristöaktivistien ja anti-globalistien niskakarvat nousemaan jolloin hyvän asian vastustuksesta tulee kieroutuneesti hyve. Eturintamassa tällaista köyhimpiä polkevaa kehitystä on ajamassa intialainen Vandana Shiva, joka ulkonäkönsä puolesta ei ole eläessään kokenut puutetta ruoasta. Vaarana tällaisessa kehityksessä on se, että asiaa tuntematon suuri yleisö tarttuu täkyihin ja tukee organisaatioita, jotka ajavat mieletöntä geenimuuntelua vastustavaa politiikkaansa joka perustuu tiedon sijasta tunteisiin.

Elämää digitaalisessa pilvessä: Googlen vaikutus

Kun ensimmäisen kerran kuulin termin "cloud computing" ollessani Microsoftilla töissä vuonna 2006 en ollut lainkaan vakuuttunut. Puhuttiin Googlesta Microsoftin ja Applen dominoiman perinteisen työpöytäympäristön uutena kilpailijana. Ajatus tuntui ja tuntuu edelleen absurdilta. Tapahtui jotain sellaista jota oli kieltämättä vaikea nähdä tuolloin: Google ei tunkeutunutkaan työpöytämarkkinoille kilpailijana vaan muutti koko asetelman enemmänkin aggressiivisena kumppanina ilman sopimusta. Kumppanina, josta kaikki tuntuvat hyötyvän vaikkeivat itse sitä välttämättä ymmärrä koska näkevät vain tämän omituisen kilpailutilanteen tuomat haitat. Aivan kuin kyseessä olisi erikoinen tilanne, jossa symbioosissa kehittynyt suhde muuttuu isäntäeliöiden mielestä loisimiseksi siinä vaiheessa kun ymmärtävät oman menetetyn tilaisuutensa.

Googlen Internet-palvelut kuten Gmail, News, iGoogle, Maps, Reader, Docs, Picasa ja YouTube ovat oikeasti mullistaneet kaikkien käsityksen perinteisestä työpöytäympäristöstä. Digipilven (eli cloud computing) ansiosta oma työpöytä pystytäänkin ulottamaan koko maailmaan niin kauan kuin löytyy nettiyhteys. Näiden maailmaa kirjaimellisesti mullistaneiden palveluiden suosion taustalta löytyy ennenkaikkea tunne varmuudesta. Googlen epävirallinen tunnushan on "Do No Evil", Google itsessään on todella vakavarainen ja sen peruspalvelu eli internethaku on hyvin samanlainen kuin yhtiön aloittaessa ulkonäköä myöden. Google huokuu tasapainoisuutta, varmuutta ja luottamusta. Ilman kyseisiä ominaisuuksia digipilven vallankumous olisi sula mahdottomuus. Kukaan täysijärkinen ihminen ei laittaisi tärkeitä asiakirjojaan pienen ja tuntemattoman yrityksen palvelimelle talteen kuten tuhannet ihmiset tekevät päivittäin Google Docsin kohdalla: tämänkin blogin AMD-tekstit on kirjoitettu siten, että ne on aloitettu kotona ja jatkettu kasarmilla loppuun Google Docsilla! Sama pätee mihin tahansa henkilökohtaiseen materiaaliin asiakirjoista valokuviin. Luottamuksen rakentamisessa Google on onnistunut täydellisesti satunnaisista oikeudenkäynneistä ja

Kun työpöytäympäristö ulottuu Internetiin asti ja sovellukset pyörivät tehokkailla palvelimilla töpöytäkoneiden sijaan riittää, että päätteessä eli kotikoneessa on tarpeeksi puhtia suorittamaan JavaScriptiä, Flashia, PHP:tä ja HTML:ää. Tämä onkin johtanut käytännössä silmänräpäyksessä tilanteeseen, jossa tietokoneen tehoksi riittää "tarpeeksi hyvä". Suurimpana osoituksena tästä sinänsä radikaalista paradigman muutoksesta kuluttajien mielissä on netbookit - pienet ja tehottomat läppärit pitkällä akkukestolla ja halvalla hintalapulla. Selviten tämä ajatus näkyy puheissa Android-käyttöjärjestelmällä varustetuista ARM-pohjaisista netbookeista. Siinä vaiheessa kun tietokone alkaa käyttää matkapuhelimille suunniteltua prosessoria ja käyttöjärjestelmää voidaan päätellä, että sovellusten ei ole edes tarkoitus pyöriä tietokoneessa vaan jossain muualla.

Mooren lakiin 20 vuotta pohjannut tietokoneteollisuus on samanlaisen paradigman muutoksen edessä kuin työpöytänsä verkkoon ulottavat kuluttajat. On pidettävä mielessä, että Mooren laki ei ole mikään laki vaan enemmänkin erään yhtiön tavoite jossa on pysytty erinomaisesti. Kyseinen tavoite ei ole universaali: ARM ei ole tuplannut transistojen määrää pakkomielteisesti vuodesta toiseen vaan jopa päinvastoin.

Mikäli digipilven kehitys jatkuu samaa tahtia voidaan päätellä seuraavaa: virrankulutuksesta tulee pääprioriteetti palvelimien lisäksi kotikoneissa ja kotikoneet kutistuvat. Pitkällä tähtäimellä kotikone sulautuu matkapuhelimeen muuttuen uuden ajan rannekelloksi joka on aina mukana: Pip-Boy heijastuu varsin elävästi takaraivoon. Todennäköisesti ihmisten elämäntapa muuttuu jälleen liikkuvammaksi koska 3G-verkot mahdollistavat toiminnan verkossa mistä vain (tai no, siis paikoista joissa on 3G) ja toiminta verkossa alkaa mahdollistaa kaiken muun! Nykyiset puhelimet sisältävät jo lähes kaiken sen mitä normitietokonekin sekä GPS:n. Kun lisätään yhtälöön sosiaaliset verkostopalvelut ja sykemittari saadaankin aikaan nettipalvelu joka reportoi reaaliajassa kavereille ollaanko hengissä - kirjaimellisesti! Pelien kohdalla trendi kulkee kohti konsoleita: PC-pelaaminen voi huonommin kuin koskaan kun se suhteutetaan konsoleiden tilanteeseen (muuten tosin paremmin, mutta kaikki on suhteellista). Tietokoneet yleistyvät, mutta PC alkaa olla passé. Sen korvaaja on nurkan takana: sen voi nähdä iPhonessa ja tuntea Samsung Omnian värinässä.

Tarkasteltuna millä mittarilla tahansa voidaan väittää, että Google muutti koko tietokoneteollisuuden vaikka sitä on hankala ymmärtää vaikutuksen laajuuden, läpitunkevuuden ja saumattomuudesta johtuvan huomaamattomuuden vuoksi. Itse en siis vielä 2006 ymmärtänyt koko höpötystä aiheen ympäriltä. Gmail oli, mutta silti käytin Applen Mailia. Hätätapauksissa loggasin sisälle jos oma kone ei ollut saatavilla. Nykyään en voi kuvitellakaan tilannetta, jossa pitäisin yhteystietoni niinkin epävarmassa paikassa kuin omalla henkilökohtaisella tietokoneellani: se voi kaatua, mennä rikki, ohjelma voi korruptoida yhteystiedot, se voidaan varastaa tai jotain muuta vastaavaa voi tapahtua. Kaikille noille Google tuntuu olevan immuuni. Yhtiö joka on pitänyt kotisivujensa etusivun käytännössä samana alusta lähtien - yli kymmenen vuotta - on nykymaailman tietotekniikan hektisessä kehityksessä Kubrikin Avaruusseikkailu 2001 mustaan monoliittiin rinnastettava objekti. Nykyajan pyramidi ja sfinski. Kiintoisasti nihkeä suhtautuminen ja varovaisuus internetpalveluita kohtaan on muuttunut epäluottamukseksi perinteistä työpöytäympäristöä kohtaan.

Nokia hylkäämässä Symbianin älypuhelimissaan?

Aikaisemmin ennustin, että Nokia olisi integroimassa Qt:n osaksi Symbiania syrjäyttäen siten S60-alustan. Pohjasin ennustukseni silloin tuoreisiin uutisiin Nokian ostamasta Trolltechistä, joka on Qt:n alkuperäinen suunnittelija ja pääasiallinen tuotekehittäjä. Avoimen lähdekoodin rajapinta mahdollistaisi tehokkaamman sovelluskehityksen kuin S60, jolloin Nokia voisi älypuhelinten sovellusmarkkinoilla kilpailla tehokkaammin Googlen Androidia ja Applen semi-avoimeen OS X:ään perustuvaa iPhonea vastaan. Selasin Työvoimaministeriön avoimia työpaikkoja näin kun armeijan aamut vähenevät ja pitäisi löytää töitäkin kotiutumisen jälkeen, kunnes törmäsin valtavaan läjään Nokia Oyj:n ilmoituksia avoimista softainsinöörin paikoista.

Von Sentrifugi

Kaikissa avoimissa viroissa kaivataan Linuxista ja avoimesta lähdekoodista kokemusta omaavia kehittäjiä. Työpaikkailmoitukset jakautuvat käyttöliittymäsuunnittelijoihin, testereihin, koodareihin ja softa-arkkitehteihin. Jokaisella ilmoituksella on kaksi yhteistä tekijää eli Linux ja avoin lähdekoodi yleensä. Koska ilmoitukset ovat samanaikaisia ja niillä on yhteistä, uskoisin Nokian olevan kokoamassa kokonaan uutta kehitystiimiä jotain Linuxilla ja Qt:llä toimivaa varten.

Von Sentrifugi

Von Sentrifugi

Ilmoituksissa kerrotaan, että kyse on Maemo-alustan kehityksestä. Realistisesti ottaen voidaan kuitenkin todeta, että pelkkä nettitabletin konsepti on aikansa elänyt, kun nykyaikainen älypuhelin sisältää samat sekä liudan muitakin toimintoja samaan hintaan. Ei tunnu realistiselta odottaa, että Nokia olisi vain julkaisemassa uudistetun malliston nettitabletteja, varsinkaan kun samalla Linux ja OSS tuntemuksella haetaan myös VoIP-asiantuntijoita. Huomaa, että samassa ilmoituksessa kerrotaan että "..which is working on building the new Linux-based software platform product for Nokia devices." Selvä merkki, että tulossa on jotain uutta. Siis aidosti uutta.

Uskon, että Nokia tullee luopumaan kankeasta ja kehittäjien kiroamasta Symbianista sekä sen S60-jatkeesta viimeistään 2010 ja kehittää oman Linux-pohjaisen strategian matkapuhelimilleen.

Pelastuuko AMD? Phenom II vs. Core i7 [osa 2]

Suorituskykymittauksia
Tässä artikkelissa keskitytään lähinnä kovaan faktaan eli Phenom II:n suorituskykyyn suhteessa muihin prosessoreihin, etenkin Intelin Core 2 ja Core i7 sarjaan verrattuna. Todettakoon pikatiivistelmänä, että Phenom II on tosielämän käyttöä mittaavissa testeissä usein suorituskykyisempi kuin huomattavasti kokoonpanon kokonaiskustannuksilta kalliimpi Core i7. Tämä johtuu hyvin todennäköisesti siitä, että AMD on onnistunut suunnittelemaan "Dragon"-alustansa kunnolla. Koska AMD hallitsee koko alustaa piirisarjasta prosessorin kautta näytönohjaimiin (790FX, Phenom II, Radeon 4800-sarja), niin järjestelmän tehokas optimoiminen on paremmin toteutettavissa kuin Intelin kohdalla, jolla ei integroituja näytönohjaimiaan lukuunottamatta ole AMD:tä vastaavaa grafiikkaosaamista ATI:n muodossa.

Prosessorin toiminta yhdessä grafiikkakortin ja lopun piirisarjan kanssa on erittäin tehokasta verrattuna Core i7:aan ja samassa hintaluokassa painivaan Core 2:een. Kuvaavaa on, että Tom's Hardwaren vertailuartikkelissa Phenom II X4 940 BE päihittää molemmat Intelin prosessorit (Core 2 Duo E8500 & Core i7 920) 3DMark Vantagen "Overall performance" -testissä:

Myös pelit näyttävät hyötyvän AMD/ATI -integraatiosta huomattavasti. Erittäin mielenkiintoista on, että peleissä puolet Core i7 920 hintainen kolmiytiminen Phenom II 720 BE johtaa FPS-mittauksissa poikkeuksetta:

Täysin synteettisissä laskentakokeissa Phenom II häviää Core i7:lle. Tämä johtuu ennen kaikkea siitä, että Core i7 käyttää kaksikanavaisen muistin sijaan kolmikanavaista muistia, jolloin muistiväylän koko nousee 33% muihin prosessoreihin verrattuna. Kyseinen 33% lisäys väylässä siirtyy suoraan aritmeettista laskentaa mittaavaan SiSoft Sandraan:

Intelin vastaus
Intel on onnistunut tekemään Core i7 -prosessoristaan laskentatehollisen hirviön. Se heittelee muita prosessoreita pakkaamista, tiedonsiirron nopeutta, konversiota yms lineaarista säikeistettyä työtä vaativissa hommissa. Mieleeni tulee Core i7:sta ja sen muistiväylien nopeutta ja latenssien pienuutta korostavasta suunnittelusta mieleen IBM:n Cell BE -prosessori, joka on tuttu Playstation 3:sta. Molempien täysivaltainen hyödyntäminen vaatii ohjelmoijalta paljon ja uusien toimintatapojen opettelua. Nykyisissä sovelluksissa tehoerot vanhaan - IBM:n tapauksessa ero POWER-arkkitehtuuriin ja Intelin tapauksessa Core 2 Duoon - jäävät pieniksi.

Core i7:lla on kuitenkin yksi suunnaton heikkous eli sen vaatimien kokoonpanojen hinta:
1) Socket 1366 -emolevyt maksavat huomattavasti enemmän kuin Socket 775 tai AM3. Gigabyten GA-EX58-UD3R on hintaseurannan mukaan halvin S1366 emolevy juuri nyt ja sen hinta on 191€. Halvin DDR3:sta hyödyntävä AM3-emo, Gigabyten GIGABYTE GA-MA790XT-UD4P, maksaa 120€.
2) Core i7 hyödyntää kolmikanavaista muistia joka käytännössä tarkoittaa muistin asentamista kolmen sarjoissa. Muut prosessorikannat hyödyntävät tuplakanavaa eli muisti asennetaan kahden kapulan sarjoissa. Tämä lisää muistikustannuksia välittömästi 33% muistin laadusta riippumatta.
3) Core i7 itsessään on kallis. Karvalakkimalli i7:sta (920) on halvimmillaan 274€, kun taas halvin Phenom II (710) kustantaa 116€.

Puhutaan useiden kymmenien, muistin hinnasta riippuen jopa satojen eurojen eroista käytännön suorituskyvyltään vain hieman toisistaan eroavien kokoonpanojen välillä. Tällä valitettavalla tosiseikalla tulee olemaan merkitystä etenkin tietokonevalmistajien kuten HP ja Dell tulevaisuuden kokoonpanoissa. Mikäli Intel ei kykene Core i7:lla vastaamaan halpamarkkinoiden kysyntään jää uuden prosessorin adaptaatio vähäiseksi.

Tähän artikkeliin oli tarkoitus tulla muutama esimerkkilasku, jossa 3DMark Vantagen pisteet jaetaan toisiaan mahdollisimman paljon vastaavien i7 ja Phenom II kokoonpanojen hinnan välillä, mutta koska The Tech Report ehti ensin en jaksa keksiä pyörää uudestaan. Suosittelen prosessorivalintaa miettivälle ensisijassa tähän vertailuun tutustumista:
A Fresh Look At The Processor Value

Lisää testituloksia:
The Phenom II And AMD's Dragon Platform
Socket AM3: AMD's Phenom II Gets DDR3
AMD Phenom II X4 940 & 920: A True Return to Competition



Pelastuuko AMD? -sarjan viimeisessä osassa tulemme hahmottamaan AMD:n nykytilanteen ja sen mikä AMD:ssa on oikein vialla. Voiko nilkuttavan altavastaajan enää korjata? Luvassa ensi viikonloppuna.

AMD Dragon-alustan hinta syöksykierteessä

Olen seuraillut aktiivisesti Hintaseurannan kautta erilaisia kokoonpanoja tulevaa konettani varten. Tulevaksi kokoonpanoksi on vähitellen vakiintunut AMD:n Dragon-alusta, johon kuuluu Phenom II -prosessori, AMD:n emolevy 790GX/SB750 -piirisarjalla sekä ATI:n 4800-sarjan näytönohjain. Seuraavanlaisen hinta-laatusuhteeltaan oivan opiskelijabudjettiin sopivan kokoonpanon olen suunnitellut:

Antec Sonata III
500W virtalähde (kotelossa)
AMD Phenom II 720 BE
Asus M4A78T-E AM3 790GX
Samsung Spinpoint F1 1TB
Kingston ValueRAM DDR3 4GB 1333MHz
Asus Radeon HD 4830 PCIE 512MB

Setin yhteishinta on nyt 17.3. 638€. Vielä 1.3. saman kokoonpanon arvo oli 681€. Suurinta laskua on tapahtunut DDR3-muistissa, joka yksinään on laskenut kokoonpanon hintaa 33€ edestä. Koska kiintolevyn hinta on noussut 2€ ja kotelon arvo säilynyt samana, niin 12€ hinnassa on tullut alas prosessorin, emolevyn ja näytönohjaimen hinnassa. Se on 0,71€ lasku vuorokaudessa Dragon-alustaan kuuluvien osien osalta! Mikäli trendi jatkuu samana ja muistien hinnat pysyvät muuttumattomina, niin 55 vuorokauden jälkeen kyseisen kokoonpanon voi olettaa saavansa alle 600€. Mikäli muistien hinta tippuu samaa vauhtia, niin jo huhtikuun alussa eli reilun kahden viikon päästä voi odottaa kyseistä hintaluokkaa. Tämä tuskin tapahtuu, sillä jyrkin pudotus DDR3-muistien hinnoissa on jo tapahtunut. Oma veikkaus maagisen rajan rikkoutumisesta osuu päivämäärälle 22.4.

Viikonloppuna palaammekin astialle Phenom II vs Intel i7 tehovertailun merkeissä. Data on nyt kerätty ja jauhettu, kirjoitus vain puuttuu. Tällöin suoritamme erinäisiä vertailulaskelmia joita ei muualla ole!

Phenom II - pelastuuko AMD? [osa 1]

AMD julkaisi uudet AM3 kantaiset ja DDR3-muistia tukevat Phenom II prosessorinsa varsinaisesti 9.2.2009. Netissä on sen jälkeen julkaistu valtava määrä testejä, sillä onhan odotukset AMD:n suhteen kovat kun ottaa huomioon täydellisesti epäonnistuneen alkuperäisen Phenomin julkaisun kahta vuotta aiemmin.
Alkuperäinen Phenom oli arkkitehtuuriltaan täysin uudenlainen prosessori ja teoriassa erittäin tehokas - itse asiassa tänä vuonna julkaistu Intelin Core i7 käyttää lähes identtistä suunnittelua. Pian julkaisun jälkeen havaittiin ongelmia translation lookaside bufferissa (TLB) joka yksinkertaistettuna tarkoittaa prosessorin muistin hallinnan vajaatoimintaa. Tämä luonnollisesti johtaa epävakaaseen järjestelmään, joten AMD julkaisi "korjauksen" emolevyvalmistajille, jonka ne puolestaan laittoivat BIOSiin. Tämä "korjaus" yksinkertaisesti kytki TLB:n pois käytöstä, jolloin prosessorin teho laski noin 10%. AMD julkaisi myöhemmin korjatun sarjan Phenomeita, joissa TLB ongelma oli korjattu. Korjauksen esiin tuominen mediassa kuitenkin epäonnistui raakasti ja kuluttajien muistiin oli jo jäänyt mielikuva viallisista prosessoreista (myös allekirjoittaneella). Tästä johtuen alkuperäisten Phenomien myynti oli surkeaa verrattuna Intelin Core-prosessoreihin ja AMD:n taloudellinen ahdinko paheni entisestään.

AMD on ottanut opikseen Phenomin ilmiömäisestä epäonnistumisesta. Phenom II ei ole sisältänyt vikoja, sen tulemisesta tiedotettiin kunnolla ja se on ennen kaikkea taaksepäin yhteensopiva. AM2+ emolevyn omistaja voi käyttää AM3-kannalle tarkoitettua Phenom kakkosta, koska prosessorit ovat pinni-yhteensopivia vanhemman kannan kanssa ja sisältävät sekä DDR3 että DD2 muistikontrollerit prosessorissa itsessään. Se on myös halvempi kuin vanhat Phenomit johtuen pienemmästä valmistustekniikasta (65nm -> 45nm) sekä ehkäpä myös AMD:n rankasti uudistamista tuotantojärjestelyistä. Saadakseen mahdollisimman paljon irti tuotannosta, AMD myy prosessoreita joissa jokin ytimistä ei toimi kunnolla tai välimuistissa on vikaa. Nämä vialliset osat on yksinkertaisesti poistettu käytöstä ja prosessori myydään halvemmalla eri tunnuksilla - 7xx tarkoittaa kolmiytimistä, 8xx pienemmällä välimuistilla varustettua neliytimistä ja 9xx täydellisesti toimivaa neliytimistä. Tämä mahdollistaa eri prosessorien tuottamisen yhdeltä linjalta, yhtenäisestä piikiekosta ja pienemmin hävikein. Taaksepäin yhteensopivuus, halvemman DDR2 -muistin hyödyntämismahdollisuus ja yleensäkin halvemmat hinnat ovat omiaan houkuttamaan tietokoneen valmistajia hyödyntämään AMD:n alustaa.



Phenom II korjasi myös kylmäkäynnin ongelman ("cold bug"), joka esti aikaisempien AMD-prossujen jäähdyttämisen äärimmäisen alhaisiin lämpötiloihin koska ne eivät yksinkertaisesti käynnistyneet. Tästä johtuen ylikellottaminen muuttui kertaheitolla helpommaksi, koska prosessoria voitiin nyt jäähdyttää kuivajäällä, nestemäisellä typellä ja jopa nestemäisellä heliumilla. Etenkin Muropaketissa vaikuttavat maailmallakin mainetta niittäneet Team Finlandin ylikellottajat ovat kunnostautuneet uusien Phenomien äärirajoille viemisessä useaankin otteeseen. Phenom II ylikellottuu niin hyvin, että tämän hetkinen 3DMark06 -ennätys kuuluu Team Finlandille ja se toteutettiin Phenom II 940 BE -prosessorilla. Vähän myöhemmin tulosta paranneltiin toistamiseen niin, että nykyinen 3DMark06-maailmanennätys on 35806 pistettä. Tavalliselle kuluttajalle näillä nestemäisellä heliumilla toteutetuilla ylikellotusleikeillä ei ole mitään suoraa mielenkiintoa. Tietokoneiden valmistajille tieto siitä, että maailmanennätys on tehtailtu alle 300€ hintaisella prosessorilla on kuitenkin varmasti erittäin mielenkiintoinen. Se kertoo koko arkkitehtuurin potentiaalista. Tämä saattaa olla AMD:n viimeinen mahdollisuus nousta hirveästä taloudellisesta tilanteestaan voiton puolelle. Epäonnistumiselle tuskin on varaa niin monen vuoden tappioputken ja uskomattoman velkataakan vuoksi.

Seuraavassa osassa käydään läpi kuukauden sisällä AM3-kantaisten Phenom kakkosten julkaisusta saatuja testituloksia ja keskitytään etenkin siihen, miten se pärjää vertailussa arkkitehtuuriltaan lähes identtistä Intelin Core i7:aa vastaan.